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スピナードルフィンズ

生命数理科学分野

生命現象に根差した新しい数理科学の創成と工学応用

People Working in Open Office

研究

Underwater Dive

ありのままを理解する

この世界の法則を理解するというのはどのようなことでしょうか。世界全体から興味ある部分を取り出したときに、その部分は、世界の何と同じであり、何を含んでいると、どのように言えるのでしょうか。私たちの研究室では、このような観点から、あるがままの自然を数理的、物理的なモデルとしてどのように表現し、それによって何を捨て、何を理解できるようになるのかを常に考えています。世界を表す新しい数理・物理学の理論を構築し、工学への展開に取り組んでいます。

Open Source

To realize diverse scientific research with the participation of experts from various backgrounds and citizens, we make publicly available research software developed with public funds.

Impact of Environmental Asymmetry on Epithelial Morphogenesis
03:49
Yasuhiro Inoue

Impact of Environmental Asymmetry on Epithelial Morphogenesis

Morikawa, K., Kuroda, D. & Inoue, Y. Impact of environmental asymmetry on epithelial morphogenesis. Sci Rep 12, 11326 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-15343-y https://github.com/k-morikawa68/SH_Simulator Illustrations used in this video are sourced from Freepik: Intestinal wall structure illustration by brgfx Human brain illustration by rawpixel.com Life cycle of a monarch butterfly illustration by brgfx White fabric texture photo by vector_corp Isometric genetic engineering set illustration by macrovector Special thanks to these creators for their wonderful work.
Introduction to the New 3D cell center model
06:19
Yasuhiro Inoue

Introduction to the New 3D cell center model

Mimura, T and Inoue Y., Cell-center-based model for simulating three-dimensional monolayer tissue deformation, Journal of Theoretical Biology, Vol. 571, 11560 https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2023.111560 https://github.com/TomohiroMimura/CellCenterModel
（からだ工務店）サイエンスアゴラ2022 ブース紹介
02:06
学術変革領域研究A「からだ工務店」

（からだ工務店）サイエンスアゴラ2022 ブース紹介

2022年11月5～6日 サイエンスアゴラ2022に出展しました。 https://www.jst.go.jp/sis/scienceagora/2022/ 学術変革領域研究（A)「素材によって変わる、『体』の建築工法」（からだ工務店） https://www.architect-bio.info/
京都大学理学研究科 第19回 MACSコロキウム「形態形成の多細胞力学シミュレーション」井上 康博（工学研究科 教授）2022年4月18日
48:20
Kyoto-U OCW

京都大学理学研究科 第19回 MACSコロキウム「形態形成の多細胞力学シミュレーション」井上 康博（工学研究科 教授）2022年4月18日

京都大学　第19回MACSコロキウム https://ocw.kyoto-u.ac.jp/course/1106/ 「形態形成の多細胞力学シミュレーション」 井上 康博（工学研究科 教授） 2022年04月18日（月） Zoomオンライン配信 00:00 | はじめに 00:21 | 計算力学 10:32 | 多細胞力学モデル 19:12 | 多細胞力学シミュレーション 35:20 | 第１段階：真似る（control model) 37:52 | 第２段階：確かめる 40:44 | 第３段階：予測する（仮想実験） 44:40 | 今後の展開とまとめ
Pattern Formation using Swift-Hohenberg equation at Lambda=0
00:14
Yasuhiro Inoue

Pattern Formation using Swift-Hohenberg equation at Lambda=0

Morikawa, K., Kuroda, D. & Inoue, Y. Impact of environmental asymmetry on epithelial morphogenesis. Sci Rep 12, 11326 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-15343-y Simulation code is distributed at https://github.com/k-morikawa68/SH_Simulator
Pattern Formation using Swift-Hohenberg equation at Lambda=0.5
00:14
Yasuhiro Inoue

Pattern Formation using Swift-Hohenberg equation at Lambda=0.5

Morikawa, K., Kuroda, D. & Inoue, Y. Impact of environmental asymmetry on epithelial morphogenesis. Sci Rep 12, 11326 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-15343-y Simulation code is distributed at https://github.com/k-morikawa68/SH_Simulator
Pattern Formation using Swift-Hohenberg equation at Lambda=1
00:14
Yasuhiro Inoue

Pattern Formation using Swift-Hohenberg equation at Lambda=1

Morikawa, K., Kuroda, D. & Inoue, Y. Impact of environmental asymmetry on epithelial morphogenesis. Sci Rep 12, 11326 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-15343-y Simulation code is distributed at https://github.com/k-morikawa68/SH_Simulator
[修士論文]歩くことを目的として中間状態を含む遺伝的アルゴリズムにより設計されたリンク機構
03:12
松本嘉彦

[修士論文]歩くことを目的として中間状態を含む遺伝的アルゴリズムにより設計されたリンク機構

遺伝的アルゴリズムで作成されたリンク機構例
00:36
松本嘉彦

遺伝的アルゴリズムで作成されたリンク機構例

図書館での読書

​ニュース

2023年11月18日-19日

サイエンスアゴラ2023

学術変革領域研究（A)「からだ工務店」で出展します。今年も、領域研究の成果をPCシミュレーションで体験できる仕掛けが満載！

https://www.jst.go.jp/sis/scienceagora/

2023年9月24日

京都大学アカデミックデイ2023に出展します

​発明！カブトムシのモノづくり

https://research.kyoto-u.ac.jp/academic-day/a2023/

2023年7月28日

EMBO WS TSB Satellite Meeting

学術変革領域研究（A)「からだ工務店」が共催する国際ミーティング。コンセプトを紹介し、国際的連携の議論を行いました。

https://sites.google.com/nibb.ac.jp/embo-ws-tsb-satellite-meeting/

2023年7月10日

受賞

黒田直也君が工学研究科吉田研究奨励賞を受賞しました。おめでとうございます。

2023年6月8日

三村知広君が開発する多細胞動力学の新しい数理モデルの成果がJournal of Theoretical Biologyに掲載されました。

Tomohiro Mimura and Yasuhiro Inoue, Cell-center-based model for simulating three-dimensional monolayer tissue deformation, Journal of Theoretical Biology (2023). https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2023.111560

git clone https://github.com/TomohiroMimura/CellCenterModel.git

2023年6月4日

受賞

森川健太郎君が日本機械学会第35回バイオエンジニアリング講演会でOutstanding Presentation表彰に選ばれました。おめでとうございます。

2019年11月15日

上皮組織の折り畳みに関する研究成果がBIOMECH MODEL MECHANO BIOLに発表されました。

制限された空間内の上皮組織の折り畳み

Epithelial tissue folding pattern in confined geometry

https://doi.org/10.1007/s10237-019-01249-8

2019年9月7日

京都大学ウイルス再生研・安達研究室との共同研究成果がBIOMECH MODEL MECHANO BIOLに発表されました

組織形態形成のエネルギーランドスケープ

An energy landscape approach to understanding variety and robustness in tissue morphogenesis

https://doi.org/10.1007/s10237-019-01222-5

2022年12月20日

兵庫県立兵庫高等学校で出張講義をします

学術変革領域研究（A)「からだ工務店」の研究を紹介します。カブトムシの折り畳みと展開による形態形成とその工学応用について講義します。

2022年12月12日

東京大学・塚谷先生、京都大学・望月先生との共同研究成果がDevelopmentに発表されました。

花びらの形が葉と違う仕組みを解明。

Ayaka Kinoshita, Makiko Naito, Zining Wang, Yasuhiro Inoue, Atsushi Mochizuki, Hirokazu Tsukaya

Position of meristems and the angles of the cell division plane regulate the uniqueness of lateral organ shape,

Development (2022)

https://doi.org/10.1242/dev.199773

2022年11月5－6日

​サイエンスアゴラ2022に出展します

学術変革領域研究（A）「からだ工務店」で出展します（東京・お台場・テレコムセンター5階 ブース517）。当研究室からは、折り畳み・展開シミュレーションの体験デモを展示します。

https://www.jst.go.jp/sis/scienceagora/2022/

2022年7月5日

​上皮形態形成における物理環境の非対称性の影響に関する研究成果がSCIENTIFIC REPORTSに発表されました。

上皮形態における突起形状、ひだ形状、網目形状の違いが生まれる原理の１つに、物理環境の非対称があることを数理的に示しました。

Kentaro Morikawa, Daichi Kuroda, Yasuhiro Inoue

Impact of Environmental Asymmetry on Epithelial Morphogenesis, Scientific Reports (2022)

​https://doi.org/10.1038/s41598-022-15343-y 

2022年6月20日

特定研究員の募集

生物の形態形成の数理モデリング・シミュレーション、または、生物の形態形成の原理の工学応用に関する研究を推進してくださる特定研究員を募集しています。これからプログラミングにチャレンジしたい方や新しく専門を広げてみたい方など、意欲的な方は、大歓迎です。どなたでも電子応募いただけますので、詳細はJREC-INをご覧ください。

2022年6月5日

BEST POSTER PRESENTATION AWARD 受賞

​根本悠樹君がNICOGRAPH International 2022(芸術科学会主催)にてBest Poster Presentation Awardを受賞しました。おめでとうございます！

Someone to meet you: Introspective Encounter with the Presence of Someone from Uncertain Spatial Void
Yuki Nemoto and Yasuhiro Inoue

2022年3月24日

受賞

​三村知広君が日本機械学会畠山賞を受賞しました。おめでとうございます。

2022年2月18日

森川健太郎君、京都市立芸術大学・富田先生（京大・名誉教授）との共同研究が紀要『日本哲学史研究』第１８号に発表されました。

森川健太郎、富田直秀、井上康博

生命と「わかる」の数理モデル化の試み

紀要『日本哲学史研究』第１８号

http://www.nihontetsugaku-philosophie-japonaise.jp/?p=1520

2021年11月15日

VTECH CHALLENGE 2021

根本悠樹君の「未然たるあなた」がVTech Challenge 2021(GREE, Inc. & REALITY, Inc)に採択されました。

https://vr.gree.net/lab/vtc/vtc21/someone/

2021年11月8日

IVRC2021

​根本悠樹君が日本バーチャルリアリティ学会主催IVRC2021 Leap stageで発表した作品のキャッチ動画を公開しました。

https://youtu.be/_mxVCMSjMyg

2021年5月26日

受賞論文

根本悠樹君が本学工学研究科の『吉田卒業研究・論文』を受賞しました。おめでとうございます。（授賞式）

2021年4月1日

​​新４回生が配属されました。

新しく7名が仲間入り。

2021年1月13日

大阪大学・近藤滋研究室との共同研究成果がSCIENTIFIC REPORTSに発表されました

​カブトムシの3D角形状をコーディングする角原基折り畳みの数値解析

Keisuke Matsuda, Hiroki Gotoh, Haruhiko Adachi, Yasuhiro Inoue, Shigeru Kondo 

Computational analyses decipher the primordial folding coding the 3D structure of the beetle horn, Scientific Reports (2021)

https://doi.org/10.1038/s41598-020-79757-

2020年12月7日

からだ工務店、はじめます

学術変革領域研究A「からだ工務店」のホームページは、こちらからどうぞ。

architect-bio.info

2020年10月3日

若林君(2020卒)のピアノ演奏が公開されました

https://youtu.be/3N6ysNSGn8A​​

2020年1月2日

PURDUERDUE大学KIM研究室との国際共同研究成果が SOFT MATTERに発表されました。

アクチン繊維の棒状排除体積効果が様々な秩序構造を生み出す仕組み

https://doi.org/10.1039/C9SM02082A

2019年11月15日

上皮組織の折り畳みに関する研究成果がBIOMECH MODEL MECHANO BIOLに発表されました。

制限された空間内の上皮組織の折り畳み

Epithelial tissue folding pattern in confined geometry

https://doi.org/10.1007/s10237-019-01249-8

2019年9月7日

京都大学ウイルス再生研・安達研究室との共同研究成果がBIOMECH MODEL MECHANO BIOLに発表されました

組織形態形成のエネルギーランドスケープ

An energy landscape approach to understanding variety and robustness in tissue morphogenesis

https://doi.org/10.1007/s10237-019-01222-5

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Kyoto University Katsura C3 Building Nisshikyo-ku, Kyoto 615-8540
b1S09 （Inoue）
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